软下疳的病原体是杜克雷嗜血杆菌，革兰染色阴性，呈球杆状，多在细胞外，呈链状排列。就目前所知，只有通过性接触在人群中传播。本病患者偶尔可通过自身接种引起生殖器外其他部位的感染。感染后人体没有完全保护性免疫，因而可以出现重复感染。
软下疳好发部位主要在性接触的部位。最性多见于包皮内，包皮系带和冠状沟。龟头、阴茎较少见。女性多见于大小阴唇、阴蒂、阴道口、阴各系带。子宫颈、尿道内、会阴较少见。生殖器外可见于肛门、口腔、手指和女性乳房等处。
