病原体是单纯疱疹病毒(Herpessimplexvirus,HSV)。单纯疱疹病毒,是一种DNA病毒,单纯疱疹病毒可分为Ⅰ型(HSV-1)及Ⅱ型(HSV-2)两种。两者的抗原性不同,即说明它们的结构不同
,所产生的抗体也是不同的,所以患口角疱疹的患者并不能对生殖器疱疹有免疫性。HSV-1主要引起口唇部疱疹(俗称热疮),然而HSV-2主要引起生殖器疱疹,但两者也可交叉。90%的生殖器疱疹病例由HSV-2型感染引起,只有10%患者是由HSV-1型感染引起。由HSV-1型引起的生殖器疱疹症状较轻,易于治疗。