病毒经皮肤、粘膜破损处进入人体内，在伤口附近生长繁殖，然后经过血液循环或神经通路传播和扩散。
原发感染消退后，病毒潜居体内，伺机作乱。当遇上机体出现毛病、抵抗力下降时，它们就又要逞能了，如受凉、发热、情绪激动、月经或机械刺激时，能使潜伏、处于休眠状态的病毒激活而再度发病。
出现阴道分泌物增多或下腹痛，并可并发宫颈炎和子宫炎，也可累及直肠粘膜。生殖器疱疹在男性好发于龟头、冠状沟、阴茎体、尿道口、阴囊、大腿和臂部等处。
